9 ноября 1883 года на обсуждение Бакинской городской думы был вынесен вопрос об отводе мусульманского кладбища в Баку под постройку православного собора.
Торжество закладки Бакинского собора приурочили к приезду в Баку императора Александра III, его семьи и сопровождающих лиц, совершавших с 18 сентября по 14 октября 1888 г. поездку по Кавказу.
В начале 90-х годов XIX века император отпустил ассигнования на сооружение храма. Согласно его указу:Собор должен поражать своим величием, красотой, богатством убранства.
В Баку императорский поезд прибыл в субботу 8 октября 1888 г. в два часа дня.
В четвертом часу дня, в присутствии государя императора Александра III, наследника цесаревича Николая Александровича, великого князя Георгия Александровича, государыни императрицы Марии Федоровны, главноначальствующего на Кавказе князя Дондукова-Корсакова, экзархом Грузии Высокопреосвященнейшим Палладием была совершена торжественная закладка нового православного Бакинского собора во имя благоверного и великого князя Александра Невского.
Перед закладкой собора совершен был крестный ход на место закладки из существовавшего в Баку Николаевского собора.
Духовенство стало под шатром; рядом, перед местом закладки были поставлены хоругви и иконы. Кругом шатра и по пути к нему стояли воспитанники и воспитанницы средних учебных заведений. По улицам, на площадке, у места закладки и всюду на крышах и на балконах расположились зрители.
По прибытии их величеств, началось молебствие, которое совершал высокопреосвященнейший экзарх Грузии, архиепископ Палладий, с двумя архимандритами, кафедральным протоиереем Тифлисского кафедрального Сионского собора, настоятелем Бакинского собора Юницким и другими священнослужителями.
По окроплении места закладки, высокопреосвященный, по уставу Церкви, положил в основание храма частицу святых мощей в серебряном ковчеге. Их величества вложили золотые монеты с обозначением года закладки, и затем настоятель собора прочитал надпись на медной, вызолоченной через огонь, доске соответствующую событию надпись о сооружении храма.
Проект храма принадлежал академику-архитектору Р. Р. Марфельду, уроженцу города Баку, сыну главного врача Каспийского флотского экипажа. Закладка собора была совершена под руководством коллежского секретаря, гражданского инженера Д. Д. Буйнова, занимавшего в то время должность производителя работ строительного отдела губернского правления (впоследствии – губернского архитектора). В 1891 г. вызван был из Петербурга для постройки собора архитектор Тесьмин, который, приехав в Баку, отказался руководить работами. Тогда на место Тесьмина назначен был архитектор г. Гославский, который и довел постройку собора до конца.
Храм по гравному фасаду снаружи был украшен иконами и надписями. По обе стороны паперти в нише стены храма вставлены изящные иконы-киоты.
С правой стороны помещались одна над другой иконы Христа Спасителя и Георгия Победоносца, с левой стороны вверху — икона Божей Матери.
В нишах самой паперти вставлены спереди икона святого благоверного князя Александра Невского, с правой стороны — св. Николая Чудотворца, а с левой – Иоанна Богослова. Надписи были исполнены золотыми буквами в славянском стиле.
В 1936 г. (по другим данным – в 1937-м) собор был разрушен. Акт вандализма фиксировался на фотопленку. На месте собора были, правда, тоже построены храмы, но другого рода – образования и медицины. Вдоль бывшей Колюбакинской была построена школа N189, вдоль бывшей Врангельской – школа N190. Позже там же была построена еще школа вдоль бывшей Спасской, куда перевели школу N190, а в ее старом здании вначале размещалась школа N26, а затем музыкальная школа им. Бюльбюля. Была построена и урологическая больница.
Разрушали долго — высокопрочные стены собора поддавались с трудом, величественный архитектурный шедевр не хотел умирать. Красота его не спасла… Советскую власть невозможно было остановить ничем и в меньшей степени красотой. Власть действовала со слепой разрушительной силой и не терпела конкурентов в борьбе за души. По размаху учиняемого варварства в плане сознательного уничтожения храмов в мирное время с коммунистами не сравнялись бы даже фашисты, взрывавшие храмы лишь во время боевых действий. Это было неизбежное зло. Здесь мы имеем зло в мирное время.
В те же годы в Баку были уничтожены крупный католический храм Непорочного Зачатия Пресвятой Девы Марии, Будаговский собор, несколько более мелких церквей, мечеть Биби-Эйбат… Эти акты вандализма нанесли сильный удар не только по духовности, но и по архитектуре города.